根据历史真实事件改编而成的重庆谍战讲述了抗日战争期间国民党政府为了破译日军密码邀请美国的密码破译专家雅德利加入自己的阵营并创办了黑室密码破译基地的故事1937年抗日战争全面爆发南京失守国民党政府迁往陪都重庆但日本空军屡次轰炸重庆中国军民死伤无数重庆政府决定建立中国的密码情报机构派遣特工秦骜去武汉抢夺人称密码之父的美国专家雅德利在武汉秦骜终于见到失散两年的未婚妻扈渝雯后者已经成为武汉中共地下党员陆涯的妻子秦骜的出现打破了她这两年平静的生活雅德利不肯去重庆服务而武汉日军也不断派人暗杀雅德利此时地下党员陆涯接到上级任务让他协助重庆来的秦骜将雅德利送往重庆在执行任务的过程中陆涯发现原来妻子渝雯竟然是国民党特工但陆涯仍坚持顾全大局解救秦骜渝雯于危难之中带着雅德利一起来到了重庆黑室这个技术机构在国共合作的大背景下建立陆涯秦骜渝雯雅德利等人都加入了黑室黑室众人团结一心在破译日军情报方面屡有斩获但平静的日子总是非常短暂某日黑室为了召开军事会议而采用的最高级别的三A级密码本被雅德利偷走在黑室大老板唐大铭的安排下陆涯奉命带人追捕叛徒雅德利但其实这是唐大铭为了查出黑室中长期隐匿的内奸独臂大盗而实施的钓鱼行动陆涯的同事李克江等人系数被日本人杀害陆涯孤身逃出由于只有陆涯一人生还因此被黑室认定就是内奸独臂大盗陆涯不能证明自己的清白只能孤身逃亡秦骜奉命紧紧追捕陆涯陆涯陷入危难渝雯突然出现以秦骜的性命相要挟帮助陆涯逃脱秦骜对陆涯的更加痛恨发誓一定要亲手捉住陆涯陆涯和渝雯共同患难二人重归于好陆涯和渝雯联手设计找出和独臂大盗保持单线联系的日本特工四姐在寻找线索的过程中陆涯意外发现唐大铭居然和四姐过从甚密此时黑室秘藏的三A级密码本再度丢失黑室陷入一片混乱秦骜也发现唐大铭的行为有颇多疑点于是秦骜主动和陆涯示好二人互通消息发现疑点都指向唐大铭正当两人欲联手拿住唐大铭把柄之时唐大铭突然遭遇暗杀同一时刻陆涯从日本人手中抢回了真正的密码本听闻唐大铭已死陆涯对秦骜产生了怀疑此时一直以来被认为已经牺牲的李克江忽然出现他行踪诡秘更加使局面扑朔迷离其实真正的独臂大盗是秦骜李克江死里逃生归来突然现身在巨大的精神刺激下秦骜向李克江承认了一切事实并表明弃暗投明的决心李克江相信了秦骜为了让秦骜能够摆脱怀疑日后可以对国家做更多有益的事情李克江替秦骜顶下了内奸的骂名并被秦骜亲手杀死虽然李克江作为独臂大盗死去但细心的陆涯还是发现了秦骜的种种可疑迹象仍旧怀疑秦骜才是真正的独臂大盗但陆涯苦于无法找到证据这时渝雯突然发生车祸脑部受到重击失去了所有和陆涯的记忆只记得自己曾是秦骜的未婚妻并重新投入秦骜的怀抱陆涯陷入痛苦之中但其实这是渝雯的一个计策她用自己来实施美人计她成为秦骜的妻子在朝夕相处的情况下艰难寻找着证据历尽艰险渝雯终于找到了确实的证据但紧接着她差点被秦骜身边安插的日本人奸细杀害千钧一发之际秦骜出现杀死了日本奸细放走了渝雯渝雯逃回黑室从她带回的证据中找出日军方面有关SQ4的情报SQ4是一种杀伤力巨大的病菌日本要在重庆散发这种病菌形成细菌战陆涯分析出秦骜可能早已弃暗投明的确秦骜早已成为埋伏在日本人身边的眼线为了保护中国人的安全秦骜以牺牲自己的生命为代价毁灭了所有SQ4但在黑室的上级中仍然隐藏着日本奸细千手观音为了实施日军丧心病狂的细菌战计划千手观音也不惜让自己身染病毒使得病毒继续在重庆蔓延陆涯挺身而出与千手观音同陷火海之中保卫了重庆的安全……夕阳西下的天边怀孕的渝雯满面泪水地看着烈烈焚烧着的火海看着自己的爱人与敌人同归于尽1945年抗战胜利神州处处都有英雄的斑斑血泪无尽英魂