这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事2027年6月6日的一天隶属陆军机密部队501机关的真室中佐宫内敦士配音在闹市街头被人杀害此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身他对死亡背后自然隐藏着无数谜团阴雨之夜试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅塾一久配音与生化人草薙素子坂本真绫配音在真室中佐的墓地首次相遇此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相谁知棺木中的中佐早已不见了踪影在此之后她受到荒卷委托展开调查并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特松田健一郎配音和时为新滨县刑警的陀古萨新垣樽助配音邂逅扑朔迷离的案情草薙一行被引向未知的彼方……                                   本片根据士郎正宗的原作改编