西历2071年迷之机械细胞群突然开始了世界规模的人类讨伐作战计划2074年经过长期抗战之后处于劣势的人类动用了最终破坏兵器为了歼灭敌人甚至不惜付出牺牲自己国家庞大国土的代价于是主要大陆被分成了数块南极大陆也消失了地球上的50%以上的陆地被海水所淹没大战经过了十年后…　　原本在大战中受伤而退伍不再当飞行员的冬后大佐却突然接到了特殊命令负责教育驾驶日本海军机密研发的汇集了所有最新设计理念的新武器的飞行员们令人惊讶的是这三名飞行员候补生都是十几岁的女孩子精英军人家庭中成长的一条瑛花也就算了看着与战争看起来扯不上边的IQ200的天才少女园宫可怜以及看起来唯一的优点就是有精神的少女樱野音羽这两个人冬后哑口无言……在严酷的训练中三人之间的羁绊也越来越深了　　被称为SKYGIRLS的少女们背负着人类的未来和希望现在正翱翔在这广阔的天空中