应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次KERORO军曹的面前出现了最新最恶最强的敌人　　故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情他们在那里因为迷路而发现了遗迹后来因为突发状况而不得不从那里逃出但在那时冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女抱着对少女的不解之迷冬树与KERORO回到了东京不过这时最强的敌人出现在了他们面前样子和KERORO一模一样但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO他带领着部下CIBABADORURUMIRURU一起在世界各国开始了侵略行动而迎击这一切的KERORO小队的命运是……