ある日沖縄の海に奇怪な生物が現れたオニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ瞬く間に日本全域に広がったそれは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生体浄化システムとして生み出したが暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった　　エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶとそこにはニライカナイから来た小生物ゴーゴが出現しその尾の装飾リングから宝がある事を悟った本土からの密猟者とゴーゴを保護した地元の少女たちがいたエリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘宝がある」という伝説を知っていた少女たちとエリアス姉妹そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る　　ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現しただが宝捜しをしている頃石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したためエリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑むダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ遺跡のピラミッド付近で海中戦となりモスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれたそしてダガーラは「それ」=無数のベーレムをモスラに取り付かせモスラは戦闘不能に陥ったエリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剥がそうと試みるがあまりにも沢山付いているため全くきりがない絶体絶命のピンチに陥ったモスラ宝の発見は急務となった　　遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は辿りついたホールでニライカナイの王女の立体映像から「ゴーゴが宝の主として少女=汐里を選んだ」事を告げられるだがダガーラはピラミッドを襲撃してきた崩壊するピラミッドの最中モスラはゴーゴの「命の水」の力により取り付いたベーレムは取り払われさらにレインボーモスラとなってパワーアップし再びダガーラと再戦するさっきまでの状況とは一変し今度はモスラが優位に立ったダガーラが再び海中に潜った時モスラはアクアモスラに変身し戦いの舞台は海底に移ったダガーラの攻撃をバリアーでガードしダガーラに強力な攻撃を与えるモスラさらに分身モードとなりダガーラの体内からベーレムを倒しながら攻撃し遂にダガーラは倒れその後ピラミッドと共に消滅モスラも海から出てきた後元の姿のレインボーモスラに戻りインファント島に帰って行き危機は去ったのであった