第二集中尼奥基努里维斯KeanuReeves饰没有能从内部摧毁母体他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷思想却被困在介于母体和真实世界的中间地带这个地方由火车人控制墨菲斯劳伦斯菲什伯恩LaurenceFishburne饰和崔妮蒂凯瑞安莫斯CarrieAnneMoss饰等人知道了尼奥的情况在守护天使的带领下找到了火车人的控制者梅罗纹奇经过一番激斗将尼奥救了出来 此时电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难到达机器城市尼奥终于见到了机器世界的统治者机器大帝双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受母体控制的史密斯以换取锡安的和平 在母体中尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗
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