主人公の少年ユウキ・コスモら地球人が移民したソロ星で第六文明人の遺跡が発掘された遺跡の文献からフォルモッサ・シェリルが導き出した名を取り発掘された巨人ロボットはイデオンと呼ばれるようになる そのイデオンは異星人バッフ・クランの伝説でイデの巨神として語り継がれていたものだったイデ捜索隊隊長のギジェ・ザラルに無断でカララ・アジバが調査のためにソロ星ロゴ・ダウへ向かう コスモジョーダン・ベスイムホフ・カーシャがイデオンを操縦するが二つの人類は双方とも相手を異星人と呼び恐れ自分の星を守るために異星人を殲滅しようとして戦火を拡大させた コスモ達はソロ星を捨てイデオンの母船ソロシップに乗って宇宙を逃亡する
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